申时行之被任为首辅，似为一串意料之外的机缘所促成。
　　1582年张居正逝世之后，继任者为张四维。但是不出一年，第二位张阁老的父亲也不幸去世。当时自然不能再来一次“夺情”，张四维只能离职丁忧。在此离职期间，申时行代理首轨但是张四维本人在居丧将要满朝的时候又突然患病，而且一病不起。以前较申时行资深望重的大学士马自强和吕调阳也已病死，这样，命运就把资格最浅的大学士申时行推到了最前面。
　　1587年，申时行官居首辅已4年。他自称未老先衰，其实精力正旺。他的父母去世多年，所以没有丁忧的顾虑。他为人温和谦让，没有几位前任那种趾高气扬的姿态。王世贞所作《内阁首辅传》称他“蕴藉不立崖异”，就是说他胸中富有积蓄，但是不近悬崖，不树异帜。这一评价在恭维之中寓有轻视的意味。而申时行的温和谦让，却也始终投有能使他能在政治风浪之中置身事外。他以后被卷入争端，进退维谷，直到提出解呈11次之多，才能奉准退休。
　　申时行由张居正的推荐而入阁，表面看来，这一点对他关碍不深，因为1582年前后，在中枢出任要职的几乎全部为张居正的私人。申时行和张四维不同，他以才干取得张居正的信任，而不是以诌媚见用。在张居正死后，他承认张居正的过错，但并不借此夸大前任的过失，作为自己执政的资本。其间差异既为同僚所深知，也为皇帝所了解。
　　申时行和其他绝大多数的大学士一样，出身于政府中执掌教育和文墨的部门。1562年，他在299名殿试及第的进土中名列第一，即得中状元，并按例授翰林院修撰。此后他在翰林院任职达15年，官至待读，并升转兵部及利部侍郎，在职仅7个月，即被命为大学士。他和张居正、高拱一样，未曾就任北京以外的官职。
　　难道一个人熟读经史，文笔华美，就具备了在御前为皇帝作顾问的条件？难道学术上造诣深厚，就能成为大政治家？25年前，翰林院修撰徐时行（当时他尚未姓申，仍袭用外祖徐姓）也曾对这些问题发生疑惑。但是今天的大学士申时行对此早已涣然冰释，理解了其中的精微奥妙。因为我们的帝国在体制上实施中央集权，其精神上的支柱为道德，管理的方法则依靠文陵。
　　多年的翰林生活更使申时行对这些问题的理解逐渐加深。翰林院的官员替皇帝撰写浩敕，浩敕的接受者总是孝子贤孙，同时也是眼光远大的父母或是能够周济邻里领导地方的正人君子。执掌文墨与教育的官员也向皇帝反复说明，为人君的职责是在使人民在丰年得以温饱，凶年不致填于沟壑。他们也要阐明三代以来的王道至今依然适用，即一个良好的政府务必选贤任能，同时在社会上提倡诚信与和谐。总而言之，道德至高无上，它不仅可以指导行政，而且可以代替行政。至于具体的技术问题，例如一个蛮夷酋长当抚当剿的得失，使黄河水道南移或北迁的利弊，边区条马交易折换率的调整，等等，自然也很重要，但这是属于各地总督巡抚的范围，他们理应提出建议。按本朝传统，所有的建议仍当奏请皇帝批准。然则用人适当，各地总督巡抚都是众望所归，他们的建议，也必为上策佳计，所有奏请，必然会得到批准。所以归根结底，技术问题仍与道德问题不可分离。

　　翰林学士在执行职务期间，既已接受道德伦理的熏陶，而有条件精研各种档案，则为增进技术能力的捷径。在1578年被任为大学士之前，申时行参与修撰嘉靖和隆庆两朝实录和《大明会典》这种编撰工作，必须要把历年所有因革的文件逐月逐日地排比整理并加检讨，正是训练培养内阁大学士的最好方法。现在的首辅申时行，被同僚一致誉为“老成”。这种概念与实际年龄无关。他52岁，比次辅许国小8岁，也比三辅王锡爵小一岁。他的老成来自长期处理各种人事经验；这种经验，使他深知我们这个帝国有一个特点；一项政策能否付诸实施，实施后或成或败，全靠看它与所有文官的共同习惯是否相安无扰，否则理论上的完美，仍不过是空中楼阁。这一帝国既无崇尚武功的趋向，也没有改造社会、提高生活程度的宏愿，它的宗旨，只是在于使大批人民不为饥荒所窘迫，即在“四书”所谓“黎民不饥不寒”的低标准下以维持长治久安。这种宗旨如何推行？直接与农民合作是不可能的，他们是被统治者，不读书，不明理，缺乏共同的语言。和各地绅士合作，也不会收到很大的效果，因为他们的分布地区过广，局部利害不同，即使用文字为联系的工具，其接触也极为有限。剩下唯一可行的就是与全体文官的合作，如果没有取得他们的同意，办任何事情都将此路不通。例如就在这1587年，山东省的三千农民，由于饥荒诞而走险，丛聚为盗；各地白莲教的信徒也大有增加。局势令人惊骇。但仅是惊骇于事无补，解决问题的关键仍在于全体文官的互相合作，互相信赖，以致于精诚团结，众志成城。如果不是这样，则全国1100多个县，其中万别千差，又何能由朝廷训令，使得多个县个个个做事符合机宜？所以说来说去，施政的要诀，仍不外以抽象的方针为主，以道德为一切事业的根基。朝廷最大的任务是促进文官之间的互相信赖与和谐。此亦即鼓舞土气，发挥精神上的力量。
　　在首辅申时行看来，纵使国步艰难，政府的办、事能否收效，仍可以常识判断。如果各部院寺的文官几个月都见不到皇帝一面，他们就很难维持信心，认为皇帝陛下对各种事情仍能充分掌握。此念一开，他们即会怀疑他对是非善恶可能已经置之度外。信念既失，疑窦即生，他们就很难再尽忠竭力。这也就是“四书”劈头所述的“诚意”至此已经不能维持。这种情况，就是所谓“上下否后，中外腰携”，如果继续下去，挺而走险的农民决不会止于三千，白莲教徒也一定会越来越多了。
　　要影响全体文官，申时行必须首先提供自己的诚意。他宁可被目为大和事佬，甚至被批评为牺牲原则的政客，但他坚持他调济折衷的原则。他确实看透了国家为解决问题而设立文官，但国家的最大问题也就是文官。而奇怪的是，以张居正的精明练达，竟忽视了这样基本而简单的事实。

　　在本朝历史上除草创时期的洪武永乐两朝外，文官凌驾于武官之上，已成为绝对趋势。多数的武官不通文墨，缺乏政治意识，他们属于纯技术人员。即使是高级武官，在决定政策时，也缺乏表示意见的能力，偶或有所陈献，也绝不会受到文官的重视。
　　在申时行充当首辅的年代，全国文官的总数约为20000人，其中京官约占1／100。当他们朝会集合时，就出现一片令人眼目昏眩的现象。他们的朝服为红丝罗绢所制，四品以上为红色，五品以下为蓝色。朝冠系纱制，侧带两翅；朝靴黑色，靴底边上涂以白色的胶漆。腰带并不紧束而是轻松地是在腰间，上镶玉、犀角以及金银等方块，所以在阳光之下闪烁不已。
　　官员们的品级由“文官花样”表示。此亦即西方人所称MandarinSquare。文官的花样总是绣着两只鸟，鸟的品格和姿态则因级别的高低而异。如一品官的花样为仙鹤翱翔于人中；三品官的为孔雀，一只着地，一只冲天；至九品官则为鹤鸩二只，彼此都在草丛中觅食。武官的袍服形色和文官相似，但品级不用乌而用猛兽来表示，依次为狮子、虎豹、熊务等等。监察官员亦你‘风宪它’，虽然也是文官，但是花样却不标品级而绣以“倾基”。这是传说中的一种猛兽，能辨善恶。它对好人完全无害，但当坏人接近，它就一跃而前将其撕为碎块。还有极少数的文武官员，包皮皮皮括宦官在内，可以由是帝特增绣有蟒、飞鱼、斗牛等形象的袍服，其尊贵又在其他花样之上，这是一种特殊的荣誉。对峙时行于1585年即由万历赐予蟒施。
　　文官绝大多数由科举出身。最低级的考试合格者称为生员。生员应三年一度的乡武，合格者称为举人；举人参加在北京的会试殿试，合格者称为进士。举人得授九品官职；进士得授七品官职。此处尚有鉴生、贡生等名称，也都可以经过一定的途径得到官职。总之，科举制度以各种考试的办法选拔人才，考来考去，全国的读书人被网罗而应试的总数当在百万以上，其中文理通达的即可由此而登仕途。
　　科举制度的重要性又在社会风气中得到反外一个读书人如果不入仕途，则极少有机会表现他的特长，发挥他的创造能力；也极少有机会带给一家、一族以荣誉。所以一个人的进学中举，表面上似乎只是个人的聪明和努力的结果，实则父祖的节衣缩食，寡母的自我牺牲，贤委的茹苦含辛，经常是这些成功的背景。无数的条文和墓碑，可为例证。这些文章多有出自儿子或丈夫的手笔，其中歌颂母亲或妻子给他们的赞助扶持，文句悱恻动人，情节也真实可信。皇帝赐给臣下的浩命，也针对这种感情上的需要，恩赐荣典，大多包皮皮皮括妻子以及祖宗三代。此外还有规定：本人可以辞去浩命而转封他们的妻子和祖宗三代。即使获得浩命的先辈早离人世，也无碍于授予。旧的墓碑可以取去，而代之以镌刻着新的荣誉的墓碑；画师可以根据生者的口述画出死者的遗容，画上的袍服，像主可能一生未曾经眼。这样对祖先表扬，也是对子孙的策励。这些浩命又可以传之百世，作为后人楷模。所以辞去自身的思命而转封于先辈，实为一举两得。首辅申时行深深了解其内情，他在不久之前就替二辅许国代呈，辞去他本人应得的升迁，而以相等的荣誉表扬他的亡妻及父母。

　　基于这些社会背景，文官们自应形成一个具有共同思想的集团。京官为文官中的优秀分子，自然更不必说。他们无例外地从小熟读“四书”。宋代大儒朱意的注释，既为官方确定，奉为正宗，则他们也早全盘接受，因之对一切事物的看法，也更为一致。他们都知道施政出于仁民爱物之心亦即同情和怜恤之心。一个有教养的人知道他自己有生活上的需要，又对家人父子具有感情，推己及人，就不能不想到其他人也有这些需要和感情，那么他也不得不尽力使其他人能获得他们的需要和发挥他们的情感了。
　　天下的大道理都可以用常情来度量。即便是最为严格的教条，也承认因情理而发生的例外。譬如说一个人对自己的嫂嫂应当敬爱而又经常保持距离，但是当嫂嫂掉进水里，那就不是再保持距离的时候，而一定要用手拉她。这种原则和例外，亦即古人所说经和权。这些关系，文官们也无疑地了如指掌。
　　因为他们都是读书明理之人，他们也具有无背于圣贤之道的幽默感。这种爱好幽默的情趣，尤其在他们谈论挪揄鸿肿寺礼官时表现无遗。他们所谓‘无哭王晚姜辣李苦”，对于这几位赞礼宫古怪的声调作了很准确的描写。虽然有行礼时候，他们个个一本正经，散班之后却总是有很多令人捧腹的故事在他们中间流传，譬如说礼官自己忘了转弯，唱转而不转，武臣不等赞礼官唱疏而先行下跪等等。
　　这些为数两千的京官，是否都能具备上述的品德，因而形成一个巩固的集团呢？如果事情真是这样，则他们身为文官中的优秀分子，自应感化其他文官，而后者也就应该具有移风易俗的能力，使全国1100多个县的民风杜绝刁顽而日臻淳厚；本朝刑法中所有骇人听闻的处罚如凌迟处死，也应当早已废止了。如果事情真是这样，这么多身穿懈秀服饰的文官监视其他百官也就毫无必要，皇帝也无须乎赫然震怒，廷杖百富了。可见理想与事实，常常不能相符。否则申时行在执行职务时一定会大感轻松，而以下所叙的事情也不至发生了。
　　首辅申时行虽然提倡诚意，他对理想与事实的聪节，却有一番深切的认识。他把人们口头上公认的理想称为“阳”，而把人们不能告人的私欲称为“阴”。调和阴阳是一件复杂的工作，所以他公开表示，他所期望的不外是“不肖者犹知忌惮，而贤者有所依归”。达到这个低标准，已经需要一番奋斗，如果把目标定得更高，那就不是实事求是了。